Новости

12 сентября, 2016 13:32

Российские ученые изучили свойства рецепторов, отвечающих за терморегуляцию

Источник: Газета.ru
Фото: depositphotos

Учёные из Института биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН (ИБХ РАН) при помощи метода компьютерного моделирования впервые смогли изучить явление температурной активации рецептора TRPV1 высших организмов. Прежде эксперименты in silico не позволяли добиться подобных результатов из-за несовершенства компьютерных моделей. Исследование поддержано грантом Российского научного фонда, результаты опубликованы в журнале Scientific Reports.

«История этого исследования началась, когда наши коллеги из Лаборатории нейрорецепторов и нейрорегуляторов попросили изучить динамику и свойства рецептора TRPV1 для создания новых противовоспалительных и анальгетических препаратов, – рассказывает Антон Чугунов, кандидат физико-математических наук, сотрудник Лаборатории моделирования биомолекулярных систем ИБХ РАН, один из авторов статьи. – Ее бывший руководитель, известный в мире ученый Евгений Васильевич Гришин, стал инициатором этого исследования, его памяти мы и посвятили нашу работу. Мы довольно быстро предоставили коллегам необходимую информацию, но в ходе расчетов обнаружили, что можем наблюдать нечто большее – эффект температурной активации рецептора. Это настолько тонкий процесс, а моделирование методом молекулярной динамики, которое позволяет изучать «поведение» белков, – настолько пока что неточный «молекулярный микроскоп», что мы были поражены открывшимся возможностям».

TRPV1 – один из членов семейства TRP-рецепторов (белков), который участвует в системе поддержания постоянной температуры тела. В конце прошлого века американский ученый Дэвид Джулиус из Калифорнийского университета Сан-Франциско впервые выявил терморегулирующую функцию этого ионного канала, который при повышении температуры начинает пропускать ионы натрия, магния и кальция сквозь клеточную мембрану, подавая клетке сигнал об изменении окружающих условий.

Позже профессор Джулиус расшифровал пространственную структуру рецептора TRPV1 при помощи метода крио-электронной микроскопии, который позволяет рассмотреть замороженный при высоком давлении объект незначительного размера (10-15 нм). Изъяном полученной структуры было то, что статический замороженный рецептор частично не поддавался расшифровке в области динамических изменений, которая является наиболее интересной для ученых. Поэтому до настоящего момента процесс активации рецептора оставался не до конца ясным. Антон вместе с коллегами из ИБХ РАН восполнили этот пробел.

Логично было предполагать, что рецептор, расчет молекулярной динамики которого был запущен в состоянии закрытой поры канала, должен оставаться закрытым при двух нижних температурах и открываться при двух высоких, и наоборот. Однако вычислительный эксперимент показал, что в закрытом состоянии пора канала открывалась при высоких температурах, но при расчете из открытого состояния поры низкие температуры не закрывали пору в течение расчетного времени (до 1 микросекунды).

Опубликованные данные показывают, что современные вычислительные мощности помогают исследовать ионные каналы и особенности их работы во временных интервалах, которые пока невозможно регистрировать экспериментально. Кроме того, мы наблюдаем за переходами внутри молекулы рецептора, как если бы у нас был «молекулярный микроскоп».

Конечной целью работы можно считать создание в ближайшем будущем виртуального рецептора TRPV1, пригодного для предсказания структуры селективных лигандов (особых молекул, «обслуживающих» белки). Ожидается, и не без основания, что такие лиганды найдут применение в медицине как анальгетические лекарства и будут лишены большинства побочных эффектов, свойственных современным препаратам группы нестероидных противовоспалительных средств.

28 марта, 2024
Ученые ИТМО создали более долговечные синие перовскитные светодиоды
Ученые ИТМО нашли новый способ получения синего излучения у перовскитных нанокристаллов. Он позвол...
28 марта, 2024
Ученые научились управлять мощностью электронного пучка в течение его импульса
В Институте сильноточной электроники СО РАН модернизирована уникальная научная электронно-пучковая...